本专业于1986年获准为硕士学位授权点，为省级重点学科，属于安徽省双一流建设学科之一。主要研究方向有呼吸道病毒致病机制、微生物与宿主互作和药物干预、微生物组学大数据整合分析、多组学数据关联分析、抗生素抗性基因预警和微生物消除、细菌生物多糖生物合成机制，药食同源类食品发酵等。本专业有教授1名，副教授2名；所有导师均具有博士学历及高级职称，承担有多项国家自然科学基金和省（部）级研究课题。近年来，学科建设有细胞培养室、微生物培养室、小动物实验室、分子生物学实验室、分子病毒学实验室、发酵工程实验室、生信分析技术平台等，拥有院级和校级科研实验中心平台。学科系各团队近5年来在Gut、Chemical Engineering Journal、Journal of Hazardous Materials、Gut Microbes、Genomics Proteomics Bioinformatics、Journal of Biomedical Science、Bioresource Technology、Front Immunol等国际高水平SCI期刊发表文章30余篇。